粉末衍射的結(jié)構(gòu)解決方案

Endeavour是一個強大的軟件晶體結(jié)構(gòu)解決方案，從粉末和單晶衍射數(shù)據(jù)?；谑嗄甑慕?jīng)驗，該軟件能夠或多或少地自行解決許多中小型結(jié)構(gòu)。創(chuàng)新的概念與精心設(shè)計的用戶界面相結(jié)合，使晶體結(jié)構(gòu)的求解幾乎成為一個常規(guī)的過程，尤其是對于無機物，也適用于許多有機化合物。

 

 

即使是沒有經(jīng)驗的用戶也可以通過幾個步驟來準備和執(zhí)行結(jié)構(gòu)溶液計算：只需按照集成的“向?qū)?rdquo;輸入所需的數(shù)據(jù)（單位單元參數(shù)、化學成分、衍射數(shù)據(jù)），然后讓Endeavour完成剩下的工作。利用“直接空間”方法的一種特殊變種，即對計算和觀測衍射數(shù)據(jù)之間的差異以及系統(tǒng)勢能的組合全局優(yōu)化，執(zhí)行結(jié)構(gòu)解決方案。由于勢能的額外使用，與直接方法相比，該方法對低質(zhì)量衍射數(shù)據(jù)的敏感性要低得多。

 

 

最新版本的1.8帶有重新設(shè)計的用戶界面，帶來了一些改進和錯誤修復(fù)。

 

 

科學背景

 

《應(yīng)用結(jié)晶學雜志：H.Putz，J.C.Schoen，M.Jansen》和《粉末衍射數(shù)據(jù)中“Ab Initio”結(jié)構(gòu)溶液的組合方法》（J.Appl）上已經(jīng)發(fā)表了關(guān)于Endeavour 的科學背景的詳細資料。J. Appl. Cryst. (1999), 32,864-870。

 

目的

 

粉末或單晶衍射數(shù)據(jù)的晶體結(jié)構(gòu)解決方案，使用計算和測量衍射圖案和系統(tǒng)勢能差異的綜合全局優(yōu)化（“Pareto優(yōu)化”）。

 

功能

 

結(jié)構(gòu)方案：

傳統(tǒng)X射線實驗室衍射儀以及同步加速器、中子或電子衍射數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)解決方案

需要輸入：

單晶參數(shù)

衍射數(shù)據(jù)：粉末衍射數(shù)據(jù)（Bragg角處的綜合強度（非剖面/階躍掃描數(shù)據(jù)），從飛利浦、BrukerAXS、Stoe導(dǎo)入，或單晶衍射數(shù)據(jù)(I(hkl), |F(hkl)|或F2(hkl))，例如從SHELX文件導(dǎo)入。

單位細胞含量（組成或分子結(jié)構(gòu)加上公式單位數(shù)）

“向?qū)?rdquo;，便于準備輸入數(shù)據(jù)

自動調(diào)整所有結(jié)構(gòu)解決方案計算參數(shù)

從實驗和計算峰值列表中計算剖面圖，而不僅僅是比較相關(guān)峰值的強度。這樣做，R因子計算對2theta誤差和錯誤的峰值分配就不那么敏感了。在早期版本的Endeavour中，這個問題經(jīng)常導(dǎo)致錯誤的R因子值，并可能阻止整個晶體結(jié)構(gòu)的解決。

根據(jù)生成的結(jié)構(gòu)自動確定空間組

可選或自動檢查/糾正2theta錯誤。

自動檢查峰值相關(guān)性（可選，默認為激活）。

幾個“高級設(shè)置”，例如柔性分子、跳躍寬度、峰值三角形、模擬退火參數(shù)等-可從結(jié)構(gòu)解決方案向?qū)е蝎@得。

含有分子/剛性體的晶體結(jié)構(gòu)現(xiàn)在可以在除P1以外的空間群中直接求解，即使它們的原子必須放置在特殊位置。

查看結(jié)構(gòu)解決方案過程的中間步驟：進度（完成百分比）、R值和總體成本函數(shù)、相關(guān)計算和觀察峰值列表、結(jié)構(gòu)圖和用戶定義的并排排列的衍射圖。

自動構(gòu)建功能，以可視化每個中間步驟的晶體結(jié)構(gòu)，例如單晶，有鍵或者無鍵，有無多面體、分子等。

報告視圖，將Pareto優(yōu)化結(jié)果顯示為格式化文本，可以復(fù)制到剪貼板、保存或打印。

易于編輯、計算和擬合潛在參數(shù)（簡單排斥，Lennard Jones）。

所有元素對組合（源自皮爾遜晶體數(shù)據(jù)）的最小原子間距離現(xiàn)已實現(xiàn)（不再需要手動調(diào)整簡單排斥勢的參數(shù)）。

對分子和原子晶體結(jié)構(gòu)的支持。分子可以固定在特定的位置，并可以沿著參考原子旋轉(zhuǎn)。

具有自動或交互式轉(zhuǎn)換到更高空間組的對稱查找器。

“結(jié)構(gòu)解決方案”可通過能量最小化或衍射數(shù)據(jù)單獨實現(xiàn)。手動選擇分子內(nèi)的可旋轉(zhuǎn)鍵，以便在結(jié)構(gòu)溶液計算過程中進行變化。

從各種文件格式導(dǎo)入三維分子結(jié)構(gòu)，包括Diamond（*.dsf）、Cambridge CSD-FDAT（*.dat、.fdat、.csd）、MDL Molfile/ SDFile（例如，從ACD Chemsketch）（*.mol、.mdl、.sd）、Cerius2 CSSR（*.cssr、.dat）、Sybyl Mol/Mol2（*.mol、.mol2）和CIF（*.cif）文件。

還可以使用ACDChemSketch免費軟件繪制分子草圖并將其轉(zhuǎn)換為3D，該軟件可以從Endeavour 1.x CD-ROM安裝。

 

結(jié)構(gòu)可視化：

結(jié)構(gòu)可視化“自動構(gòu)建”功能（如分子、多面體）的設(shè)置現(xiàn)在可以自動調(diào)整，同時考慮到正在研究的化合物的“化學性質(zhì)”。

手動輸入或更改結(jié)構(gòu)參數(shù)和書目數(shù)據(jù)。

從晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫（無機晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫、劍橋結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫）、Pauling文件（無機材料數(shù)據(jù)庫）、晶體學信息文件（CIF）、SHELX格式以及多種分子結(jié)構(gòu)格式導(dǎo)入結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。

創(chuàng)建單晶、超級單細胞或任意范圍的晶體晶格的內(nèi)容。

通過顯示所選原子類型之間距離分布的柱狀圖輔助的連接性討論，以及自動計算距離范圍。

完成選定原子周圍的配位球。

生成分子或完成細胞邊緣的分子片段（包裝圖）。

球棒、鐵絲和空間填充模型。中央或平行投影、深度提示、立體顯示。

具有用戶定義光源和材料特性（OpenGL）的真實照片渲染模型。

旋轉(zhuǎn)、移動和縮放：鼠標控制、鍵盤步進或數(shù)字。沿指定軸或朝向hkl平面的視圖。

圍繞選定原子的協(xié)調(diào)多面體，或手動構(gòu)造，帶有陰影、不透明或透明面。

顯示熱橢球體，以可視化各向異性位移參數(shù)。

標記原子和鍵。原子和鍵的顏色、樣式和半徑的變化，按類型或個別分配。

 

概述：

32位MS Windows應(yīng)用程序，帶有選項卡式多文檔界面（MDI）、上下文相關(guān)菜單和工具欄。允許“同時”處理多個結(jié)構(gòu)。

用戶定義的結(jié)構(gòu)圖和衍射圖以及多個文本數(shù)據(jù)并排排列。

多步驟撤銷和重做功能。

計算或交互測量距離、角度和扭轉(zhuǎn)角度，包括標準不確定性。

導(dǎo)出到晶體和分子結(jié)構(gòu)格式、Peak和|F(hkl)|格式、Windows元文件、幾種位圖格式以及虛擬現(xiàn)實建模語言（VRML）。

在線更新（自動或手動）。

 

系統(tǒng)要求

帶有MSWindows®XP、Vista、Windows 7、Windows 8/8.1或Windows 10操作系統(tǒng)的個人計算機（在“S”模式下不在Windows RT或Windows 10 S或Windows 10上運行）

Microsoft Internet Explorer 5.01或更高版本

64 MB內(nèi)存

100 MB可用磁盤空間

圖形分辨率為1024 x768像素，顏色為32768色（“高亮顏色”）。