HYDRUS是一個(gè)運(yùn)行于Windows系統(tǒng)下的環(huán)境模擬軟件，主要用于變量飽和多孔介質(zhì)的水流和溶質(zhì)運(yùn)移。HYDRUS包括用于模擬變量飽和多孔介質(zhì)下的水、熱和多溶質(zhì)運(yùn)移的二維和三維有限元計(jì)算，包括一個(gè)參數(shù)優(yōu)化算法，用于各種土壤的水壓和溶質(zhì)運(yùn)移參數(shù)的逆向估計(jì)。該模型互動(dòng)的圖形界面，可進(jìn)行數(shù)據(jù)前處理、結(jié)構(gòu)化和非結(jié)構(gòu)化的有限元網(wǎng)格生成以及結(jié)果的圖形展示。

HYDRUS一共五個(gè)版本，用戶可以選擇最適合自己版本。用戶可以選擇局限于一般功能的二維應(yīng)用（2D-Standard版本，與之前含有MeshGen-2D的Hydrus-2D功能一致）或者二維和三維應(yīng)用（如3D-Standard 或3D-Professional）。用戶也可以選擇相對(duì)簡單的（二維直角幾何圖形—3D-Lite, 與之前不含MeshGen-2D的Hydrus-2D功能一致）或三維的幾何立體圖形– 3D-Lite）或更復(fù)雜的幾何圖形（用于普通二維幾何圖形的2D-Standard或在二維基礎(chǔ)上以及分層三維的3D-Standard，以及用于普通三維幾何圖形的3D-Professional）。用戶也可以選擇從低版本升級(jí)到高版本。  

標(biāo)準(zhǔn)計(jì)算模型  

HYDRUS是模擬變量飽和多孔介質(zhì)下的水、熱和多溶質(zhì)二維和三維運(yùn)動(dòng)的有限元計(jì)算模型。HYDRUS數(shù)值求解飽和非飽和水流的Richards方程和熱傳遞和溶質(zhì)運(yùn)移的對(duì)流擴(kuò)散型方程。  

水流方程包含一個(gè)下沉期，可導(dǎo)致植物根系吸水。熱傳遞方程考慮了水流傳導(dǎo)和對(duì)流運(yùn)動(dòng)。對(duì)流擴(kuò)散的溶質(zhì)運(yùn)移方程的管理是一個(gè)非常普遍的形式，包括固體和液態(tài)非線性非平衡反應(yīng)的規(guī)定以及液體和氣體的線性平衡反應(yīng)。因此，不管是吸附溶質(zhì)還是揮發(fā)溶質(zhì)（如殺蟲劑）都已經(jīng)考慮到了。溶質(zhì)運(yùn)移方程還包括了零階生產(chǎn)的影響、其他溶質(zhì)的獨(dú)立一級(jí)降解以及一階衰減和生產(chǎn)反應(yīng)，以便提供連續(xù)一級(jí)鏈中溶質(zhì)間所需的耦合。運(yùn)移模擬也會(huì)引起液相對(duì)流和擴(kuò)散、氣相擴(kuò)散，因此次模型在液態(tài)和氣態(tài)條件下可同時(shí)模擬溶質(zhì)運(yùn)移。目前HYDRUS最多可考慮15種溶質(zhì)，在單向鏈中耦合或溶質(zhì)間獨(dú)立運(yùn)移。物理非平衡溶質(zhì)運(yùn)移由雙區(qū)和雙重孔隙公式引起，  并把液相分成移動(dòng)和不可移動(dòng)區(qū)域。附著和分離理論，包括過濾理論，病毒、膠質(zhì)和細(xì)菌運(yùn)移的模擬也包含在其中。 

HYDRUS可用來分析水質(zhì)和溶質(zhì)在非飽和、部分飽和或是飽和多孔介質(zhì)情況下的運(yùn)動(dòng)。HYDRUS可由不規(guī)則邊界處理水流區(qū)域，水流區(qū)域本身可能是由非均勻土壤組成具有局部各向異性任意程度。水流和運(yùn)移可能發(fā)生在垂直面，也可能在水平面，具有徑向?qū)ΨQ性的垂直軸或三維區(qū)域。 

模型的水流部分可以用來處理連續(xù)或時(shí)變的規(guī)定的方向和流量邊界，以及由氣象條件控制的邊界。土壤表面邊界條件在模擬從給定的流量到規(guī)定的方向類型條件期間可能會(huì)發(fā)生變化，反之亦然。它還可以通過水域飽和部分的剩余水量和不排水邊界條件處理自由面邊界。節(jié)點(diǎn)排水是由一個(gè)簡單的模擬實(shí)驗(yàn)關(guān)系為代表。  

對(duì)溶質(zhì)運(yùn)移來說，軟件既支持連續(xù)和變化的規(guī)定濃度(Dirichlet或first-type)也支持濃度通量邊界(Cauchy或third-type)。彌散張量包含分子擴(kuò)散和曲折的結(jié)果反應(yīng)影響。    

不飽和土壤水文屬性是由以下理論總結(jié)出來的，1980年的van Genuchten、1964年的Brooks 和Corey、1994年的Durner、1995年的Kosugi和修正的van Genuchten的型解析函數(shù)。這些修正內(nèi)容對(duì)接近飽和狀態(tài)的水利屬性做了進(jìn)一步的描述。HYDRUS軟件包含了由1983年Scott et al.以及1987年Kool 和 Parker引進(jìn)的結(jié)合實(shí)證模擬的滯變。

 這個(gè)模型假定干燥掃描曲線是從主要干燥曲線衍生而來的，濕潤掃描曲線是從主要濕潤曲線衍生而來的。HYDRUS還包括1991年的Lenhard et al.和1992年Lenhard 和 Parker的滯變模型，它通過跟蹤歷史逆轉(zhuǎn)點(diǎn)從而消除泵。HYDRUS在給定的土壤環(huán)境下可實(shí)行縮放過程已達(dá)到近似液壓變化，通過一組線性標(biāo)度變化工具，涉及個(gè)別土壤水力特性與參考土壤的關(guān)系。  

使用應(yīng)用到三角元素網(wǎng)絡(luò)中的Galerkin的線性有限元方法來求解控制方程。飽和和不飽和的狀態(tài)是通過有限差分格式集成實(shí)現(xiàn)的。結(jié)果方程是以迭代方式求解的，通過線性化和隨后的高斯消元法對(duì)帶狀矩陣、對(duì)稱矩陣的共軛梯度法或不對(duì)稱矩陣正交極小化方法。額外的措施來提高瞬態(tài)問題的求解效率，包括自動(dòng)時(shí)間步調(diào)整和確保Courant和 Peclet數(shù)字不超過預(yù)設(shè)水平。使用1990年Celia et al.提出的質(zhì)量守恒法來評(píng)估水的含量。減少數(shù)值振蕩上行重量作為求解運(yùn)移方程的選項(xiàng)包含在里面。  

此外，HYDRUS可執(zhí)行Marquardt-Levenberg類型參數(shù)估計(jì)技術(shù)為選定的土壤進(jìn)行水力逆估計(jì)或溶質(zhì)運(yùn)移以及測量瞬態(tài)或穩(wěn)態(tài)流和運(yùn)移數(shù)據(jù)（僅在2D版本中）。此過程允許估計(jì)幾個(gè)未知的參數(shù)，如觀察到的水含量、壓頭、濃度或瞬時(shí)或累積邊界通量(如滲透或流出數(shù)據(jù))。額外的保留或水力傳導(dǎo)率數(shù)據(jù)以及約束優(yōu)化的參數(shù)補(bǔ)償函數(shù)，約束優(yōu)化的參數(shù)保持在可行域(貝葉斯估計(jì))，可包含在參數(shù)估計(jì)過程中。  

一個(gè)新的模塊模擬地下水流人工濕地的生化轉(zhuǎn)化和降解過程，此模塊是為HYDRUS 的二維應(yīng)用開發(fā)的(2005年的Langergraber和Simunek，2009年的Langergraber et al)。  

這個(gè)模塊認(rèn)為大量的物理、化學(xué)和生物過程活躍在濕地，包括生物化學(xué)降解和轉(zhuǎn)化過程三組分的有機(jī)物質(zhì)(易降解、慢慢可生物降解和惰性)，四氮的化合物(銨、亞硝酸鹽、硝酸鹽、和雙氮)、無機(jī)磷、異養(yǎng)和自養(yǎng)微生物,溶氧和/或硫，他們同時(shí)活躍而且相互影響。 

附加模塊：  

UNSATCHem模塊主要是用來模擬運(yùn)移和主要離子的反應(yīng)。UNSATCHEM模塊模擬變飽和多孔介質(zhì)中主要離子的運(yùn)移（如鈣、鎂、鈉、鉀、SO4、碳酸氣和Cl)，包括主要離子平衡和非平衡化學(xué)反應(yīng)動(dòng)力學(xué)。生成的代碼可用于預(yù)測土壤在瞬變流動(dòng)中的主要離子化學(xué)、水和溶質(zhì)通量。  

Wetlands模塊是用來模擬人工濕地反應(yīng)的。人工濕地水處理系統(tǒng)的設(shè)計(jì)能優(yōu)化自然環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的處理過程。HYDRUS濕地模塊包括兩個(gè)biokinetic模型公式。而在原始濕地CW2D模塊中，考慮到了有機(jī)物、氮和磷需氧和缺氧的轉(zhuǎn)換和降解過程，以及對(duì)新的CWM1模塊中需氧、缺氧和厭氧過程的有機(jī)物，氮和硫的考慮。  

DualPerm模塊用于模擬雙滲透多孔介質(zhì)中二維可變飽和水運(yùn)動(dòng)和溶質(zhì)運(yùn)移，即優(yōu)先和非平衡水分和溶質(zhì)運(yùn)移。  

C-Ride模塊用于模擬經(jīng)常發(fā)生的強(qiáng)烈吸附污染物的二維膠體的溶質(zhì)運(yùn)移，（如如重金屬、放射性核素、制藥、農(nóng)藥、炸藥)，主要與固相關(guān)聯(lián)，通常認(rèn)為它們是靜止不動(dòng)的，但也可以吸附移動(dòng)膠體粒子(例如微生物、腐殖物質(zhì)、懸浮粘土顆粒和金屬氧化物),可以作為污染物的載體，從而為這些污染物提供一個(gè)快速的運(yùn)移途徑。 

HP2模塊綜合了HYDRUS(其二維部分)與PHREEQC地球化學(xué)代碼[1999年的Parkhurst和Appelo]開發(fā)了這個(gè)新綜合仿真工具（HP2—HYDRUS-PHREEQC-2D縮寫)，主要是區(qū)別于一個(gè)類似的一維模塊HP1。這個(gè)模塊可以考慮各種混合平衡/動(dòng)力生物地球化學(xué)反應(yīng)。 

圖形用戶界面：一個(gè)基于微軟Windows圖形用戶界面(GUI)管理的運(yùn)行HYDRUS的輸出需求，以及網(wǎng)格設(shè)計(jì)和編輯、參數(shù)配置、問題執(zhí)行和結(jié)果可視化。    

HYDRUS還包括一組控件，允許用戶創(chuàng)建一個(gè)流和運(yùn)移模型，并對(duì)運(yùn)行中的圖形進(jìn)行分析。使用空間和橫截面查看和線圖來檢查輸入和輸出。HYDRUS圖形用戶界面的主程序單元定義了系統(tǒng)整體的計(jì)算環(huán)境。這個(gè)主模塊控制程序的執(zhí)行并確定哪些其他可選的工具是必要的。該模塊還包含一個(gè)項(xiàng)目管理器和兩個(gè)預(yù)處理和后處理單元。預(yù)處理單元包括所有必要的參數(shù)規(guī)格,如成功運(yùn)行HYDRUS FORTRAN語言代碼、相對(duì)簡單的矩形和六面體傳輸域的網(wǎng)格生成器、用于非結(jié)構(gòu)化有限元網(wǎng)格的復(fù)雜二維和三維域的網(wǎng)格生成器、一個(gè)小目錄的土壤水力屬性和從土壤結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的Rosetta Lite程序生成土壤水力屬性。 

自動(dòng)生成有限元網(wǎng)格  

數(shù)據(jù)預(yù)處理涉及二維流動(dòng)區(qū)域規(guī)范，具有任意形狀連續(xù)的折線、圓弧、樣條函數(shù)、域邊界的離散化和一個(gè)非結(jié)構(gòu)化的有限元網(wǎng)格的下一個(gè)版本。HYDRUS（標(biāo)準(zhǔn)版）帶有一個(gè)可選的網(wǎng)格生成程序，Meshgen可以生成一個(gè)非結(jié)構(gòu)化有限元網(wǎng)格的二維域。HYDRUS基于Delaunay推論，已經(jīng)被無縫集成到HYDRUS環(huán)境里了。在沒有Meshgen程序的情況下，HYDRUS GUI提供了一個(gè)簡單、結(jié)構(gòu)化網(wǎng)格的自動(dòng)構(gòu)建選項(xiàng)(Lite版本)。三維版本是在Lite和Standard版本下添加了指定的相同或不同厚度的層數(shù)。HYDRUS 3D專業(yè)版有一個(gè)三維網(wǎng)格生成程序(GENEX和T3D)，為通用三維域生成非結(jié)構(gòu)化有限元網(wǎng)格。 

后處理  

輸出圖形包括水含量、流速、濃度、溫度在空間或橫斷面視圖的2D等高線（等值線或彩色光譜）。圖形輸出還包括速度矢量圖、彩色邊緣、顏色的點(diǎn)、連續(xù)的時(shí)間步的圖形顯示和動(dòng)畫以及選定的邊界或內(nèi)部截面線圖。用戶可以將感興趣的區(qū)域縮放，橫截面視圖的垂直刻度也可以放大。網(wǎng)格還可以展示邊界和編號(hào)的三角形、邊緣和點(diǎn)。觀察點(diǎn)可以添加到網(wǎng)格的任何地方。網(wǎng)格和/或空間分布結(jié)果(壓力頭、水含量、速度、濃度和溫度)的視圖都使用高分辨率彩色或灰階值。界面還包括一個(gè)內(nèi)容豐富的在線幫助菜單。  

域和有限元網(wǎng)格區(qū)域  

為了簡化復(fù)雜的運(yùn)移幾何圖形的工作，這些圖形可以劃分為簡單的部分稱為Section. 只有這些簡單的部分可以在視圖窗口中顯示,而剩下的部分被隱藏。一共有兩種類型的Section:基于幾何對(duì)象的和基于有限元網(wǎng)格的。可以同時(shí)顯示多個(gè)section。使用各種命令可以切斷和隱藏不需要的運(yùn)移區(qū)域部分。