標準PCR分析的引物設(shè)計

 

Primer Premier是設(shè)計和分析PCR引物更全面的軟件。

 

Primer Premier的搜索算法使用最近鄰的熱力學算法找到最佳的PCR、多重和SNP基因分型引物，其熔點最精確。引物篩選二級結(jié)構(gòu)，二聚體，發(fā)夾，同源性和物理性質(zhì)，然后生成最好序列的報告，并按順序排列。還配備了一個方便的計算器，您可以輕松地操作序列和分析您的引物設(shè)計的結(jié)果。

 

從NCBI加載感興趣的基因，選擇一個搜索范圍，然后就可以坐下來等待Primer Premier為您選擇最好的引物。

 

 

SNP基因分型分析的引物設(shè)計

 

使用Primer Premier，可以從dbSNP加載序列，并選擇在SNP兩側(cè)設(shè)計的引物。通過在標準GenBank/dbSNP文件中將它們指定為變異特征，還可以加載數(shù)百個未發(fā)布的SNP。在指定了單核苷酸多態(tài)性之后，可以設(shè)計引物來擴增它們以便使用基于探針的化學方法進行檢測。

 

多重分析

 

對于多路復(fù)用實驗，Primer Premier使您能夠批量啟動引物搜索。然后檢查所設(shè)計引物的交叉反應(yīng)性，從而減少誤涂。

 

自動同源和模板結(jié)構(gòu)避免

 

Primer Premier自動詮釋BLAST搜索結(jié)果，并避免那些區(qū)域設(shè)計與數(shù)據(jù)庫具有顯著交叉同源性的引物。這些同源區(qū)域在序列視圖中突出顯示，并在引物搜索期間繞過它們。

 

由于在延伸溫度下存在模板結(jié)構(gòu)，可能會阻礙引物的延伸。為了避免模板自身折疊的所有區(qū)域，程序使用專有算法在指定的折疊溫度下檢查模板內(nèi)可能的二級結(jié)構(gòu)。在序列圖中，二級結(jié)構(gòu)形成所涉及的區(qū)域被劃下了線，并且在設(shè)計引物時被繞開。

 

避免同源區(qū)使得寡頭具有高度的特異性，避免模板結(jié)構(gòu)提高了所設(shè)計引物的效率。

 

手動Primer搜索

 

Primer Premier為用戶提供了對引物設(shè)計的完全掌控。使用手動初級搜索選項，用戶可以選擇模板序列上的任何位置來設(shè)計一個感知或反感知的引物。Primer Premier會立即計算并顯示新引物的屬性。用戶最終選擇的引物將顯示在主窗口的序列視圖中。

 

編輯模板序列

 

模板序列是可編輯的，用戶可以更改。可以使用標準的剪切/復(fù)制/粘貼功能修改基序列。使用“刪除”按鈕可以刪除不需要的序列區(qū)域。用戶可以對序列進行備注或注釋，并將其保存以供將來參考。

 

特點

 

新的改進搜索算法

• 新的改進搜索算法。

• 自動同源和模板結(jié)構(gòu)避免。

• 序列視圖顯示序列上的引物。

• 新改進的圖形用戶界面。

 

 

自動序列檢索

使用登錄號/ GI號和分析ID，從GenBank和dbSNP中快速檢索批量序列到程序中。使用多檢索功能，可以從本地驅(qū)動器加載序列。

 

 

自動同源和模板結(jié)構(gòu)避免

通過執(zhí)行BLAST搜索和從程序中搜索模板結(jié)構(gòu)，可以實現(xiàn)引物的特異性。這兩個搜索的結(jié)果將在設(shè)計引物時使用。在引物設(shè)計過程中，會自動避免出現(xiàn)明顯的交叉同源性和模板結(jié)構(gòu)的區(qū)域。

 

評估預(yù)先設(shè)計的引物

Primer Premier分析和評估預(yù)設(shè)計的引物的特性，并對其進行排名，以便您調(diào)整引物與所需目標值之間的距離。如果您使用的是已發(fā)布或預(yù)先設(shè)計好的并且經(jīng)過驗證的引物，則此功能尤其有用。也可以評估5個不匹配的引物。

 

對于特定的引物，Primer Premier甚至可以設(shè)計一個兼容的套件。例如，對于預(yù)先設(shè)計或發(fā)布的正向引物，Primer Premier可以找到滿足所有設(shè)計標準的兼容反向引物。

 

您可以評估正向/反向引物或引物對，甚至不必輸入模板序列。Primer Premier顯示所分析的寡頭的所有屬性，并以HTML或CSV文件格式導(dǎo)出它們。初級讀物的排序使您能夠判斷它們與目標值的接近程度。

 

手動Primer搜索

Primer Premier為用戶提供了對引物設(shè)計的完全控制。使用手動引物搜索選項，用戶可以單擊模板序列上的任何核苷酸，以在其選擇的位置獲取引物。Primer Premier設(shè)計了一個3'端位于該核苷酸的引物，并立即分析其性質(zhì)。Primer的長度也可以增加/減少，以方便用戶使用。對于誘變和克隆，此功能有助于在其他受限區(qū)域獲得最佳設(shè)計。Primer Premier使引物序列沿著DNA序列“滑動”，實時地顯示屬性，使用戶能夠可視化地定位寡頭的最佳位置。

 

編輯模板序列

您可以編輯模板序列。可以使用標準的剪切/復(fù)制/粘貼功能修改基序列，使其在感興趣的位置歸零。通過選擇序列中不需要的區(qū)域并單擊“刪除”，可以刪除它們。該程序還允許用戶為序列添加備注或注釋，以供將來參考。

 

序列視圖

所選序列可在3或10個堿基/塊、單鏈或雙鏈中查看。設(shè)計的引物有標記，感應(yīng)漆為藍色，反漆為紅色。所選的單核苷酸多態(tài)性標記為粉紅色。同源區(qū)域用黃色突出顯示，參與模板結(jié)構(gòu)的堿基用下劃線標出。您可以用csv或HTML格式導(dǎo)出“序列視圖”以及基本設(shè)計結(jié)果。

 

生成報告

您可以為實驗室筆記本設(shè)計的分析創(chuàng)建演示質(zhì)量報告，并與同事共享信息。報告顯示了引物在序列上的位置，包括備用引物列表，顯示引物、放大器和序列屬性以及引物設(shè)計程序使用的設(shè)計參數(shù)。

 

本地和桌面爆炸選項

可以使用本地和桌面BLAST選項針對本地自定義數(shù)據(jù)庫BLAST序列。在您的計算機上創(chuàng)建一個文本或FASTA格式的序列數(shù)據(jù)庫，并從Primer Premier中BLAST查詢序列。然后將結(jié)果用于引物設(shè)計。如果您不想在網(wǎng)絡(luò)上提交數(shù)據(jù)或使用未發(fā)布的信息，則此支持是尤其有用的。

 

計算器

內(nèi)置計算器計算GC %，顯示基本計數(shù)，并使您能夠獲得互補和反向互補鏈。

 

數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)庫管理

可以創(chuàng)建多個項目。通過為每個實驗創(chuàng)建單獨的項目，可以輕松管理多個實驗的數(shù)據(jù)。為序列信息和搜索結(jié)果維護本地數(shù)據(jù)庫。