PrimerPlex是一種高效、復雜的多重PCR引物設計工具。多重分析有助于在一個反應容器中擴增多個靶點，從而減少實驗的時間和成本。

 

 

多重聚合酶鏈反應和高通量單核苷酸多態(tài)性基因分型及分析的寡核苷酸設計

 

PrimerPlex是一種高效且復雜的工具，用于設計用于多重分析的低聚物。多重分析有助于在一個反應容器中擴增多個目標，從而減少實驗的時間和成本。

 

 

多重聚合酶鏈反應的引物設計提出了幾個挑戰(zhàn)，包括引物二聚體、無法分離具有類似電泳遷移率的擴增子以及由于非特異性結(jié)合到非靶DNA模板而導致的啟動錯誤。PrimerPlex使用專有算法設計100多個序列在均勻反應條件下的最佳多重引物集。在篩選池中的所有引物并最小化TM不匹配后，識別引物組，以確保特定放大和高信號強度。在這個過程中，它在幾秒鐘內(nèi)分析了數(shù)百萬個可能的多路復用引物集，并給出了一個備選集列表。您可以在設計的引物對中指定最小的產(chǎn)品尺寸差異，以更好地顯示凝膠上的帶狀物。為了確保引物的特異性，引物可以從PrimerPlex中針對NCBI的任何可用基因組數(shù)據(jù)庫進行BLAST搜索。

 

對于單核苷酸多態(tài)性基因分型研究，PrimerPlex設計單核苷酸多態(tài)性側(cè)翼引物。結(jié)果包括每一個DNA模板的引物對，具有產(chǎn)品尺寸、退火溫度和其他理化低聚物特性。二級結(jié)構(gòu)的圖形顯示也有助于確定它們是否會阻礙反應。

 

多重PCR檢測用于基因表達分析（使用凝膠電泳的終點檢測），用于高通量SNP應用，如基因分型，用于下一代測序所需的目標富集、病原體檢測、菌株分型和單倍型分型。PrimerPlex還為高通量SNP基因分型分析設計了最佳等位基因特異性捕獲探針和等位基因特異性引物延伸（ASPE）引物。

 

特點

 

多重單核苷酸多態(tài)性檢測和高通量基因分型

使用PrimerPlex，您可以設計多個位于SNP兩側(cè)的PCR引物，在3'端具有SNPs的ASPE引物，并在其中心捕獲具有SNPs的探針。PrimerPlex使您能夠通過為每個中等大小的基因組序列設計寡核苷酸來檢測所有的突變。檢查這些引物和探針的多路復用，并顯示最佳設置。

 

多重PCR引物設計

設計適合多重分析的引物集可能是一項具有挑戰(zhàn)性的任務。PrimerPlex使用創(chuàng)新的和專有的算法來設計最佳的多路引物集，最大限度地減少TM不匹配。對所有組進行交叉反應性分析，以確保特定和有效的放大。您可以從以不同排序順序顯示的備選方案列表中選擇最適合您的實驗需求的方案集。使用PrimerPlex，您可以靈活地設計出從3'端、5'端、到這些端的指定距離或序列中的任何位置的引物。

 

對于SNP基因分型分析，程序設計引物側(cè)翼突變，如SNP、DIP（缺失/插入多態(tài)性）和MNPs（多核苷酸多態(tài)性）。

 

綜合分析支持

利用Primerplex，設計用于多重PCR、ASPE和直接雜交分析的寡核苷酸。對低聚物進行交叉反應性篩選，以確保高信號強度，最大限度地減少TM不匹配。寡核苷酸被篩選為二聚體，運行和重復。

 

下一代測序分析

使用PrimePlex，設計用于預測序樣品制備和突變檢測的復合寡核苷酸，如單核苷酸多態(tài)性、DIP（刪除/插入多態(tài)性）和MNPs（多核苷酸多態(tài)性），只需點擊幾個按鈕即可。

 

引物特異性

程序BLAST在一次搜索運行中搜索多個序列。在引物設計過程中，結(jié)果會自動解釋，并避免識別出的同源性，確保設計是高度具體的。

 

評估預先設計的引物和探針

PrimerPlex可以使用預先設計好的經(jīng)過驗證的寡頭來構(gòu)建多路復用集。在為每個序列指定了寡頭之后，分析它們的屬性，并警告用戶所發(fā)現(xiàn)的任何偏差。對于沒有預先設計的寡頭的序列，PrimerPlex設計它們，檢查它們是否存在多路復用，如果存在兼容性問題，則突出顯示兼容性問題。然后，用戶可以決定接受設計或創(chuàng)建一個單獨的池子。此功能可完全控制用戶。

 

添加MagPlex TAGs

該程序現(xiàn)在還支持MagPlex TAGs數(shù)據(jù)庫以及MicroPlex xTAGs（以前稱為FlexMAP TAGs），以便自動地向每個ASPE引物添加適當?shù)臉撕灐?/span>標簽的選擇使二聚體最小化，不會折疊到所附的寡頭上。此外，用戶可以覆蓋程序的建議并自己選擇一個標簽。PrimerPlex會提醒用戶標簽是否唯一，或者所選標簽是否與寡頭不兼容。